Mientras trabajaba en una página web (que tenía un menú desplegable en CSS y algunas animaciones en Flash) encontré que estos objetos SWF siempre se mostraban sobre todos los demás layers de la web, sin importar que valores le pusiera al z-index de los elementos involucrados.
La solución resultó sencilla, solo bastaba agregar el valor transparent al parámetro wmode del objeto SWF, quedándo de la siguiente manera:
<object type="application/x-shockwave-flash" data="swf/animacion.swf" width="760" height="80"> <param name="movie" value="swf/animacion.swf" /> <param name="wmode" value="transparent"> </object>
Como yo estaba utilizando swfobject para colocar las animaciones en Flash de manera más práctica, entonces el cambio fue:
<script type="text/javascript"> var flashvars = {}; var params = {}; params.wmode = "transparent"; var attributes = {}; swfobject.embedSWF("swf/animacion.swf", "header", "760", "80", "9.0.115", "swf/expressInstall.swf", flashvars, params, attributes); </script>