Con la nueva versión de jQuery han venido muchos cambios interesantes. Hay uno que afecta a Thickbox directamente (un lightbox muy bueno que no ha sido actualizado desde hace dos años) y es que la nomenclatura para [@attr] ha pasado a ser simplemente [attr]. Para arreglarlo, basta modificar la línea 79 en el archivo thickbox.js:

TB_TempArray = $("a[@rel="+imageGroup+"]").get();

Y dejarla así (quitándole el @):

TB_TempArray = $("a[rel="+imageGroup+"]").get();